La encina es indudablemente la especie arbórea más típica de la zona y encabeza como tallas espesas formaciones que debieron cubrir en tiempos remotos sus colinas. De la presencia histórica de la encina hay en el parque numerosos topónimos, como es el caso del Encinar de San Pedro y del Chaparral del Casón.

Es la encina árbol longevo y corpulento, de copa amplia, con tronco recio y negruzco, y follaje duro, sombrío y persistente. En primavera se tiñe del color más claro de los nuevos brotes tiernos y muchos de los árboles se cubren de racimos péndulos de flores diminutas, dando a las copas un tinte ocre o amarillento visible desde lejos.

El encinar actual presente en la Casa de Campo es, en su mayor parte, fruto de sucesivas siembras y plantaciones que prosiguen en la actualidad, si bien en una pequeña parte puede descender de algunas porciones de terreno sin desmontar o de encinas aisladas que sobrevivieron a las antiguas explotaciones agropecuarias próximas a la villa. El encinar ha pasado a ocupar el 16% de la superficie del parque, frente al 10% que ocupaba en el siglo anterior.

Otra forma presente de encinar es el chaparral, agrupaciones arbustivas densas, formadas por espesas marañas de numerosos rebrotes que difícilmente llegarán nunca a ser árboles. En todo caso se trata de formaciones muy diferentes a un auténtico bosque de encina ,las huellas de las podas y aprovechamientos seculares sólo nos dejan contemplar unos ejemplares más o menos mutilados, con un porte diferente al específico natural. La encina quizá más antigua de la Casa de Campo, junto al antiguo kiosco de La Manzana, no parece superar los 250 años y una altura de 20 metros. De mayor talla es la encina del Puente de la Culebra, cerca de El Zarzón, pues alcanza 25 metros de altura y 3,6 metros de circunferencia a 1,30 m del suelo.

Las encinas del Batán, de 15 metros de talla, o de la encina del Trillo, con tronco de 6 metros de perímetro en su base son otros longevos representantes. En las mejores manifestaciones del encinar crecen otros árboles de su género, como el roble melojo (Quercus pyrenaica) con buenos ejemplares en el valle medio del Meaques, algún quejigo (Quercus faginea), e incluso alcornoques (Quercus suber), así como escasos arces (Acer monspessulanum) y piruétanos o perales bravos (Pyrus bourgeanus). Otras muchas especies arbóreas introducidas en el parque a lo largo de los tiempos pueden observarse todavía.

Bajo el encinar, o en sus claros y bordes, crecen además espinos (Crataegus monogyna) de los que se conservan buenos ejemplares, endrinos (Prunus spinasa)~escaramujo (Rosa canina) retama (Retama sphaerocarpa) romero (Rosmarinus officinalis) olorosos tomillos (Tbymus mastichina y Tbymus zygis), esparragueras Asparagus acutifolius) frecuentadas en primavera por buscadores de espárrago madrugadores, siemprevivas (Helichrysum stoechas y Helichrysum serotinum) cantueso (Lavandula stoechas) vistosa planta que podría ser mucho más abundante en el parque, torvisco (Daphne gnidium) mata de larga floración, con corteza fina y tenaz, pero tóxica e irritante.

En el sotobosque del Encinar de San Pedro, uno de los mejor conservados del parque, se encuentra la jara pringosa, ( Cistus adaníferus) y son otras plantas propias del encinar como el labiérnago (Phillyrea angustifolia) que aparece en la ladera norte de cerro Morán, junto al Estanque del Repartidor.